Klasik PCR ’ a farklı primer takımlarıyla ikinci bir amplifikasyon uygulamaktan oluşur. Birinci amplifikasyondan elde edilen ürün ikinci için kalıp olarak kullanılır. Kullanılan ikinci primer takımı diziye özgüdür. Oluşan ürünler jel elektroforezi ile incelenir.
Demirlenmiş(Anchored) PCR:
Çoğaltılacak olan DNA’nın sadece bir bölgesinin bilindiği durumda uygulanır. Bilinen bölgeden yaralanılarak ilgilenilen DNA parçasının çoğaltılmasıdır. Çoğaltılacak DNA bilinen bir diziye bağlanır ve bu bilinen dizi 2. primer bölgesi olarak kullanılır.
Geri(Revers) Transkripsiyon PCR:
RNA PCR olarak da adlandırılan RT-PCR, iki aşamalı olup ; RNA’dan tamamlayıcı DNA sentezi (geri transkripsiyon) ve tamamlayıcı DNA’nın da standart PCR yoluyla çoğaltılması aşamalarını kapsar.
Asimetrik PCR:
Asimetrik PCR yöntemi, fazla miktarda çoğaltılan tek iplikli ürünün dizilenmesi için kullanılır. Bu PCR çeşidinde , kullanılan iki primerden biri miktarca diğerinden çok daha fazladır. Bu nedenle asimetrik PCR sonucu ipliklerden biri diğerinden çok daha fazla miktarda artar. Asimetrik PCR herhangi bir kalıp ipliğe uygulanabilir ancak tek iplikli ürünün fazla miktarda üretilememesi gibi bir sorunla karşılaşılabilir. Bu nedenle çoğunlukla klasik PCR ile önce çift iplikli hedef DNA çoğaltılır, ardından asimetrik PCR uygulamasıyla kalıp yeniden çoğaltılarak tek iplikli ürün yeterli miktarda üretilir.
Ters(Inverse) PCR(IPCR):
Bilinen DNA dizileri kullanılarak, bilinmeyen DNA dizilerinin çoğaltılmasında kullanılmaktadır.Tekniğin temeli; bilinen sekanslara bitişik olarak bulunan fakat bilinmeyen bazlara sahip olan DNA bazlarının çoğaltılmasında kullanılmaktadır.Bilinen diziler ters çevrilerek içe alındığı için bu şekilde adlandırılmaktadır. In Situ PCR:
Lam üzerindeki hücre, doku ya da doku parçaları içindeki kalıp DNA’nın PCR ile çoğaltılması işlemidir. Bu yöntem viral DNA’nın ve tek kopyalı genlerin saptanmasında veya RT-PCR ile birlikte viral RNA ve transkriptlerin belirlenmesinde kullanılır. İn situ PCR, hücre içine PCR bileşenlerinin girişine izin vermek üzere hücre membranları yarı geçirgen hale getirildikten sonra fikse edilmiş hücre veya dokularda kullanılır.
Çoklu(Multipleks) PCR:
Bir PCR ile birden fazla hedef dizinin birlikte çoğaltılmasıdır. Çoklu PCR, birden fazla bölgeye bağlanan multipleks primerler ile gerçekleştirilir. Bu PCR gen delesyonlarının haritalanması, küçük delesyonların, çerçeve kayması ve nokta mutasyonların analizinde kullanılan bir yöntem olduğundan kistik fibrozis gibi genetik hastalıkların tanısında kullanılabilir.
Real Time PCR:
Son yıllarda PCR reaksiyonlarında sıcaklık döngüleri sağlamak için kullanılan cihazların (thermocycler) hassas ölçüm aletleriyle birleştirilmesi, gerçek zamanlı (real-time) PCR olarak adlandırılan yeni bir yöntemin gelişmesine neden olmuştur. “Real-time” PCR’da ürünlerin analizi reaksiyon sırasında yapılmaktadır. Bu nedenle, agarozjel elektroforezi, DNA bantlarının mor ötesi ışık altında görüntülenmesi gibi işlemlerin uygulanmasına gerek kalmamaktadır. “Real-time” PCR ürünlerinin niteliksel ve sayısal analizlerinde, diziye özgün olmayan floresan boyalardan ya da diziye özgün problardan yararlanılmaktadır.
In Situ PCR:
Sıla Başak Yalınkılıç 
E. Genç 